通常情况下精子y染色体微缺失自然怀孕生下女孩的几率会更高，但是也有生下男孩的情况，如果是生下的男孩，一般都会有遗传y精子缺失的病症，后代的生育能力会受到影响。精子y染色体微缺失会造成男性无精、少精、弱精，如果检查显示为y染色体缺如，考虑是性染色体异常，一般是不能自然怀孕生下男孩。

y染色体缺失对男性的生育能力会有严重的影响，y染色体上有决定生成精子的片段，任何一个部分发生缺失都有可能导致生育能力下降，y染色体缺失不能生男孩，主要有以下几种情况：

1. 1. y染色体缺失，后代不会遗传到这条不健康的染色体，只能遗传x染色体，精子的x染色体与卵子的x染色体结合也就只能够生女孩，如果检查出y染色体微缺失但已经怀孕，那么很大可能就是女孩；
2. 2. 可以通过辅助生殖技术来生男孩，取出精子卵子，通过试管婴儿助孕，如果是生下女孩是不会遗传的，y染色体缺失做三代试管生儿子，会让父辈微缺失的y染色体遗传给后代，在一定程度上对后代的生育能力有一定影响；
3. 3. 男孩染色体有xy决定，而与y染色体相关的疾病也会由y染色体基因决定，而且这类遗传也只会发生于男性，染色体异常容易导致胎停育、流产，所以y染色体缺失生下男孩的几率并不高。

综上所述，y染色体缺失自然怀孕生下男孩的几率并不高，不管是男孩女孩，只要宝宝能够健康就可以了。y染色体微缺失不仅会影响生男生女，还有可能导致男性自然生育的概率降低。